#!/usr/bin/perl -s

=head1

Ce programme corrige les entêtes des séquences dans les fichiers fasta en 
enlevant les "|" pour que le fichier soit utilisable par CEGMA

=cut

$num_args = $#ARGV + 1;
if ($num_args != 2) {
    print "\nUsage: corrige_fasta.pl fichier_entree.fasta fichier_sortie.fasta\n";
    exit;
}

$file1 = $ARGV[0];
$file2 = $ARGV[1];

open IN, "$file1"
	or die "Impossible de lire $file1 : $!\n";


if(-e $OUT) {
	die "attention, il existe déjà un fichier $OUT : $!\n";
} else {
	open OUT, ">>$file2"
	or die "Impossible de lire $file1 : $!\n";
}

while($line = <IN>){

	if($line =~ /^>[A-Z]{3}/) {
			$line =~ s/[|]/-/g;
			print OUT $line;
	} else {
		print OUT $line ; 
	}

}

close OUT;
close IN ;